正答は3です。
Aが行っているような学習法を「ごまかし勉強」と言います（藤澤伸介 『ごまかし勉強』 2002）。
「ごまかし勉強」とは、試験やテストに出そうな範囲のみを機械的暗記や反復練習で学習し、手抜きの態度で学習に臨み、試験が終われば全て忘れてしまう学習法です。
「ごまかし勉強」では、深化学習や発展学習が行われない為、学習に面白さを感じることもありませんし、学習内容も身につきません。
しかし範囲の限れられた試験やテストなどでは、「ごまかし勉強」である程度の成績が取れる為、効率的であり、教育現場にも蔓延していると言われています。
1 ．リテラシー（literacy）とは、読み書き能力、識字力のことです。
現在では「○○リテラシー」という言い方をして、ある特定の分野に関する知識や理解能力、また、その知識や能力を有効活用する能力の意味合いで使われることもあります。
「Aの学校でのテストの成績は中程度よりもやや上に位置している」との記述から、Aが読み書き能力に問題があるとは考えにくいです。
したがって、選択肢1 は誤りです。
2 ．メタ認知とは、自己の認知活動（思考，知覚，記憶など）や自己の行動を客観的に認知することを意味し、メタ記憶は、そのうちの記憶に関する認知活動や行動（記憶過程など）に対する客観的な認知を指します（上原,2011）。
http://repository.tufs.ac.jp/bitstream/10108/65740/2/acs082015_ful.pdf
メタ記憶では、記憶の「モニタリング」と「コントロール」が中核機能です。すなわち、自分の記憶状態、覚えているかどうかを認識したり、より効果的に記憶するための方法を考えたりといった行動などが含まれます。
問題文の「試験に対しては出題される範囲をあらかじめ学習し」「テストの成績は中程度よりもやや上」との記述から、試験の出題範囲を機械的に暗記したり、反復練習したりすることによって効果的に記憶し、試験を乗り切っていると判断できます。
よって、選択肢2 「メタ記憶が十分に発達していない」は不適切だと考えられます。
3 ．「深化学習」とは、概念の意味を理解したり、既知の知識との関係性を把握したりすることによって、より深く掘り下げて理解していく学習のことです。
「発展学習」とは、その知識が活用できる場面を考えたり、他の分野の知識と関連づけたり、新たに生じた疑問を解決する為に調べたりするなどの学習のことです。
「ごまかし勉強」で学習内容が身に付いていないAに不足しているのは「深化学習」や「発展学習」などの有意味学習です。学習者の知的成長を促すような「正統派の学習」（藤澤，2002）では、学校の授業での動機付けに基づき、学習内容を発展、深化させ、さらに記憶に定着させる作業が必要です。「深化学習」や「発展学習」には、学ぶことの楽しさがあり、深い学びに繋がります。
よって、選択肢3「深化学習や発展学習が不足している」が正しいです。
4 ．Aは、試験に出る限定的な範囲だけを機械的に暗記したり、反復練習したりする「ごまかし勉強」によって、効率的にある程度良い成績をとっていると推測できます。
よって、選択肢4「機械的暗記や反復練習が不足している」は誤りとなります。
5 ．「具体的操作期」「形式的操作期」とは、ピアジェの発達理論の用語です。
「具体的操作期」（6歳〜12歳頃）：具体的な事物に関し、実際に触れなくても頭の中で持ち上げたり、回転させたりといった心的操作によるシェマの形成が可能になります。保存の概念を獲得し、論理的な思考が可能になります。自己中心性から脱し、他者の視点を理解できるようになる脱中心化の時期です。
「形式的操作期」（12歳頃以降）：抽象的な概念や仮説的な事物に対しても、心的操作が可能となります。
Aは13歳・中学1年生なので「形式的操作期」に当たります。「学校でのテストの成績は中程度よりもやや上に位置している」とのことなので、Aが「具体的操作期から形式的操作期に移行できていない」と考えるのは適切ではないでしょう。
よって、選択肢5 は誤りです。
